影片大致讲述在二战期间，布鲁诺一家人，因为父亲工作的原因，全家人从柏林迁往郊区，男孩的父亲向全家人隐瞒了旁边的“农场”其实是杀人工厂奥斯维辛集中营这个事实。渴望友情的布鲁诺却与集中营围栏的另一边的一个犹太男孩结下了友谊，最终影片伴随着布鲁诺这个鲜活的生命的逝去而终。
德国人拉尔夫是一名军人，他升职后，举家搬迁到乡下生活。拉尔夫有一儿一女，大女儿叫格蕾特，小儿子叫布鲁诺。布鲁诺天生好奇，喜欢交朋友，喜欢探险。而拉尔夫为了保护布鲁诺的安全，便谎称旁边的集中营是一个“农场”。搬到乡下后，布鲁诺找不到玩伴，很是苦恼。有一天，他从房间里的窗户往外看，看见了一个这个“农场”，里面的人都穿着“条纹睡衣”。布鲁诺感觉很奇怪，偷偷溜出家门，一探究竟。他来到“农场”，看见一个穿条纹睡衣的男孩蹲在被钢丝网围起来的地上，低着头，没精打采的，头上光秃秃的。布鲁诺像发现新大陆一样，他蹲在钢丝网的另一边，和穿“睡衣”的小孩聊天。小孩叫“什穆尔”，犹太人，和布鲁诺同龄，八岁。两个八岁小男孩，一个穿着“条纹睡衣”的囚服，蹲在钢丝网里头，一个着干净衬衫、领带、小马甲，蹲在钢丝网外头。两人愉快地玩足球、下棋、吃东西。童真的世界里，没有优劣，没有等级，没有罪恶，更没有无尽的杀戮。
日子一天天过去，布鲁诺和什穆尔变成了好朋友。纳粹统治越来越残暴，“农场”里经常有黑烟冒出，还伴有恶臭。布鲁诺从姐姐口中得知，“农场”并不是真正的农场，而是父亲接管的囚犯劳动营地（关押迫害犹太人的集中营）。这个专有名词听起来有些恐怖，但年仅八岁的布鲁诺根本不理解它是一个怎样的地方。他的童真也为后文的结局埋下了伏笔
由于集中营离家太近，为了不影响孩子的童年，拉尔夫决定再次搬家，让妻子带着孩子去柏林，自己也好“安心”工作。听说要搬家后，布鲁诺很沮丧。他偷偷跑去跟什穆尔道别。什穆尔也很难过，因为他的父亲不见了。布鲁诺想进到营地去，陪着什穆尔找他的父亲。无奈，钢丝网太硬了，他根本进不去。偶然的，他发现钢丝网下面的泥土是松的。他可以挖洞，钻进营地。第二天，布鲁诺穿上什穆尔带出来的“睡衣”，真的钻进了营地里。两个小男孩高兴地奔跑着，但没多久就被突来的哨声给吓回了牢房。
例行“施暴”如期而至，纳粹分子像往常一样，将一批犹太人赶进黑黢黢的，被铁门锁起来的小黑屋里，倒煤渣……点火……就这样，布鲁诺被当作犹太人，和什穆尔一起被活活烧死了。
影片《穿条纹睡衣的男孩》之所以让人心痛，不是因为纳粹残暴，而是因为残暴的纳粹毁灭了人间所有美好。整部影片没有重点呈现战争的残暴，而是反其道行之，以美衬丑，用两个小孩美好的友谊、短暂的童趣时光和纯真的心灵，反衬法西斯的丑恶行径。甚至影名都是“穿条纹睡衣的男孩”，影片用善意书写罪恶；用孩童的天真衬托战争的残酷；用布鲁诺的生命揭露纳粹的恶行。同时也祈祷着世界和平，更警示我们今日的和平来之不易，且行且珍惜。
